掃描電鏡確實存在一些缺點。以下是一些主要的缺點：

設備昂貴：SEM掃描電鏡設備價格昂貴，需要大量的資金投入，這使得它不適合小型企業和個人使用。

操作條件苛刻：掃描電鏡要求操作環境干凈、穩定，樣品B須具有一定的導電性。因此，需要對樣品進行處理，如拋光和鍍膜等步驟，操作過程繁瑣。

分析局限性：雖然SEM掃描電鏡在樣品的表面成像技術上具有很大的優勢，但對于樣品的內部結構和成分的分析相對困難，需要結合其他技術手段進行分析。

易受環境干擾：掃描電鏡設備容易受到環境干擾，如周圍的磁場和振動等，這可能會對樣品成像產生影響。

競爭激烈：在營銷領域，由于SEM掃描電鏡的廣泛應用，許多企業都在使用這種營銷方式，導致關鍵詞競價變得非常激烈，增加了企業的營銷成本。

依賴搜索引擎：掃描電鏡的效果很大程度上依賴于搜索引擎的表現，如果搜索引擎出現問題或者算法調整，可能會影響SEM掃描電鏡的效果。

容易受到惡意點擊：由于掃描電鏡是付費點擊廣告，可能會遇到惡意點擊的情況，導致廣告費用的浪費。

此外，對于桌面式SEM掃描電鏡，雖然具有體積小巧、操作簡便、信噪比高、流暢度高和原位拓展功能豐富等優點，但其分辨率不及透射電鏡和原子力顯微鏡，不能觀察到物質的分子和原子像。

綜上所述，雖然掃描電鏡在科研和工業領域具有廣泛的應用，但也需要考慮到其存在的缺點和局限性。