電子光學系統清洗的一般原則：

掃描電鏡電子光學鏡筒的某些部位可能會觀察到有不同程度的污染跡象，例如電子槍亮度減低，電子透鏡的象散加大，這需要操作者判斷污染的部位和程度。拆卸這些部位，朝向電子束的任何表面可能都需要一次或多次清洗和拋光。清潔的電鏡，電子束亮度zgao，圖象信噪比較好，象散較小，象散器位置接近零位。

四、鏡筒襯管的維護和清洗
使用專用工具拆卸和清洗SEM掃描電鏡鏡筒襯管，清洗前準備好鏡筒襯管清洗棒、金屬鏡筒襯管拆卸工具和鏡筒襯管光闌拆卸工具。
重裝鏡筒襯管光闌：使用無毛布或無毛手套。注意：在重新安裝光闌組件與安裝鏡筒襯管之前，仔細檢查清洗過的部件，不應留有有機物殘渣。只能用小鑷子來夾光闌。
光闌放在光闌帽內，當組件z終安裝在襯管內后光闌的較平滑一面應朝上，擰上光闌帽。

五、二次電子探測器維護
電子探測器維護包括三個主要組成部分，它們需要階段維護。它們包括閃爍體本身、閃爍體固定圈和柵網。由于閃爍體經過二次電子長時間的轟擊，會造成閃爍體表面污染，為此會造成閃爍體產生電荷積累而發生放電現象以及閃爍體發光效率降低，使圖象的信噪比下降。
在觀察圖象時可以觀察到掃描電鏡探測器的放電現象，在光柵掃描期間形成“脈沖閃爍”或“斑點”，有時即使在電子束關閉狀態時也可在普通操作對比度下觀察到這種放電現象。這些周期性出現的閃爍要與由于低信噪比引起的統計噪音和由于高對比度設置產生的光電倍增噪音區別開。當信號電平、信號質量及分辨率下降非常明顯時，就應更換閃爍體了。

六、真空系統維護
SEM掃描電鏡物鏡光闌桿、樣品室門和發射室的“o”型圈暴露后應拆下清洗。只需要在樣品室門打開時檢查一下，如果沾有毛絨或灰塵只要簡單地用酒精沾濕的無毛布擦拭整個“o”型圈即可。物鏡光闌桿上的“o”型圈每次清洗后都需要涂抹很少量的硅樹脂真空脂，應盡可能少量使用，不能涂多。

七、隔振和減震系統的維護
振動來源于外界和并且有賴于系統內部的穩定性。掃描電鏡系統抗振能力包括主動避振能力和被動避振能力。因此對減振避震系統的充分了解有利于提高維護意識。