掃描電鏡在觀察細胞的超微結構時具有顯著優點，這些優點主要體現在以下幾個方面：

高分辨率：SEM掃描電鏡具有非常高的分辨率，通常可達到納米級別，這使其能夠清晰地分辨出細胞表面的微小結構，如微絨毛、纖毛和受體分子等。這種高分辨率成像能力為細胞生物學研究提供了極為精確的數據支持，有助于揭示細胞與環境的相互作用以及細胞的功能特性。

大景深：與普通光學顯微鏡相比，掃描電鏡的景深要大得多。這意味著在觀察高低不平的細胞表面時，SEM掃描電鏡能夠同時清晰地呈現出不同深度的結構，圖像立體感超強。這種立體感強的圖像有助于研究人員更直觀地理解細胞的三維形態和結構特征。

樣品制備相對簡單：雖然掃描電鏡對樣品的導電性有一定要求，但對于細胞樣品而言，通過適當的鍍膜處理（如噴金或碳鍍膜）即可滿足觀察需求。相比其他高分辨率成像技術（如透射電鏡），SEM掃描電鏡的樣品制備過程相對簡單且快速。

綜合分析能力強：掃描電鏡的樣品室較大，可選用多種附件進行綜合分析。例如，結合能譜分析（EDS）可以研究細胞中的微量元素分布；利用背散射電子衍射花樣附件（EBSD）可以分析細胞的晶體結構等。這種綜合分析能力為細胞生物學研究提供了更全面的信息。

成像速度快：現代SEM掃描電鏡設備具備高度自動化，成像速度較快。這使得掃描電鏡適合大批量樣品的快速觀察，有助于提高研究效率。

然而，也需要注意SEM掃描電鏡在觀察細胞超微結構時的一些局限性，如無法直接獲取內部結構的信息、高能電子束可能對某些樣品造成損傷、樣品需要在真空環境中觀察等。但在細胞表面形態和結構的研究中，掃描電鏡仍是一種不可替代的重要工具。